قسم تحصیلات تکمیلی ( فوق لیسانس ) مجتمع دینی خنج در سال تحصیلی ۱۳۹۶ – ۹۷ از یکم مهر ماه شروع به کار کرد.
قسم تحصیلات تکمیلی در سه رشته ی تحصیلی شریعت، تفسیر و دعوت از میان داوطلبانی که بتوانند در امتحان و مصاحبه ورودی نمره قبولی را در یافت کنند، دانشجو می پذیرد. امسال نیز به مانند سالهای گذشته رشته تفسیر با تعداد ۶نفر،دعوت ۷ نفرو شریعت ۸نفر دانشجوی خواهر و برادر کلاسهای خود را آغاز کرده اند. قسم تحصیلات تکمیلی کلاسهای خود را در دونوبت یا ترم تحصیلی برگزار می کند، که ترم اول از ابتدای مهرماه تا پایان دی ماه ادامه دارد که در ترم اول تحصیلی بصورت تخصصی زبان انگلیسی در چهار مهارت:
(Listening،Speaking،Reading،Writeing) توسط دو تن از اساتید مجرب تدریس می شود. ترم دوم نیز بصورت تخصصی هر رشته به تفکیک هشت تا ده واحد توسط اساتیدی مجرب از خنج، اوز، بندرلنگه و بندرعباس تدریس می شود.( لازم به ذکر است که شروع ترم دوم از بهمن ماه و پایان آن خردادماه می باشد.)